Joint project
SPP 1935 TP - Deciphering the mRNP code: RNA-bound determinants of post-transcriptional gene regulation - Teilprojekt: Identifizierung und funktionelle Charakterisierung der RNA-Bindestelle in Proteinen mit einer Funktion in der nukleären mRNP-Verpackung in der Hefe S. cerevisiae
Funder: German Research Foundation
Period: 2020-2021
URI: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/313454814
Detailed description:
Der Hermes der Genexpression ist die Boten (messenger)-RNA (mRNA), die die Information jedes Protein-kodierenden Gens zu den Ribosomen bringt. Während der mRNP-Biogenese binden viele verschiedene Proteine an die mRNA, um diese zu prozessieren und in ein mRNA-Nukleoprotein-Partikel (mRNP) zu verpacken. Diese RNA-bindenden Proteine (RBPs) haben nicht nur eine Funktion zum Zeitpunkt ihrer Bindung, sondern oft auch in späteren Schritten der Genexpression. Daher ist der Prozess der mRNP-Verpackung essentiell und außerdem respekteinflößend komplex.In dem hier vorgeschlagenen Forschungsprojekt kombinieren wir massenspektrometrische und biochemische Methoden, um den Prozess der nukleären mRNP-Verpackung und die Funktion der daran beteiligten RBPs zu verstehen. Während der letzten drei Jahre haben wir RNA-Bindungsstellen identifiziert, neue Techniken zur Identifizierung von Protein-RNA-Quervernetzungen entwickelt und RNA-Bindemutanten des ersten nukleären RBPs, Npl3, funktionell charakterisiert. Wir werden weiterhin systematisch die RNA-Bindungsstellen dieser RBPs in S. cerevisiae mittels „klassicher“ UV- und zudem mittels chemischer Quervernetzung (cross-linking) und hochauflösender Massenspektrometrie identifizieren. Mit Hilfe von spezifischen Mutationen in den identifizierten RNA-Bindungsstellen werden wir die Funktion jedes RBPs in der mRNP-Verpackung, dem nukleären mRNA-Export sowie der mRNA-Stabilität untersuchen. Wir erwarten, dass die Ergebnisse den Prozess der nukleären mRNP-Verpackung und den Einfluss der Zusammensetzung des mRNPs auf den zellulären Lebenszyklus der mRNA erhellen werden.
Der Hermes der Genexpression ist die Boten (messenger)-RNA (mRNA), die die Information jedes Protein-kodierenden Gens zu den Ribosomen bringt. Während der mRNP-Biogenese binden viele verschiedene Proteine an die mRNA, um diese zu prozessieren und in ein mRNA-Nukleoprotein-Partikel (mRNP) zu verpacken. Diese RNA-bindenden Proteine (RBPs) haben nicht nur eine Funktion zum Zeitpunkt ihrer Bindung, sondern oft auch in späteren Schritten der Genexpression. Daher ist der Prozess der mRNP-Verpackung essentiell und außerdem respekteinflößend komplex.In dem hier vorgeschlagenen Forschungsprojekt kombinieren wir massenspektrometrische und biochemische Methoden, um den Prozess der nukleären mRNP-Verpackung und die Funktion der daran beteiligten RBPs zu verstehen. Während der letzten drei Jahre haben wir RNA-Bindungsstellen identifiziert, neue Techniken zur Identifizierung von Protein-RNA-Quervernetzungen entwickelt und RNA-Bindemutanten des ersten nukleären RBPs, Npl3, funktionell charakterisiert. Wir werden weiterhin systematisch die RNA-Bindungsstellen dieser RBPs in S. cerevisiae mittels „klassicher“ UV- und zudem mittels chemischer Quervernetzung (cross-linking) und hochauflösender Massenspektrometrie identifizieren. Mit Hilfe von spezifischen Mutationen in den identifizierten RNA-Bindungsstellen werden wir die Funktion jedes RBPs in der mRNP-Verpackung, dem nukleären mRNA-Export sowie der mRNA-Stabilität untersuchen. Wir erwarten, dass die Ergebnisse den Prozess der nukleären mRNP-Verpackung und den Einfluss der Zusammensetzung des mRNPs auf den zellulären Lebenszyklus der mRNA erhellen werden.
Coordinating organisation / Consortium Leader
- University of Cologne
Cooperation partners with funding
1 of 5
- Bielefeld University
- European Molecular Biology Laboratory
- Freie Universität Berlin
- Hamburg University
- Heidelberg University
